Sejak awal berdirinya, Fakultas Ekonom & Bisnisi Universitas Airlangga sudah memiliki dua Program Studi, yaitu Ekonomi Umum dan Ekonomi Perusahaan yang notabene merupakan kelanjutan dari PTES, dan baru pada tahun akademik 1962/1963 ditambah dengan Program Studi Akuntansi.

Berdasarkan keputusan Konsorsium Ilmu Ekonomi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan dalam rapatnya bulan Oktober 1979, maka Fakultas Ekonomi Universitas Airlangga mengadakan perubahan nama program studi, yaitu:

Program Studi Ekonomi Umum menjadi Program Studi Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan, selanjutnya berubah menjadi Ekonomi Pembangunan.

Program Studi Ekonomi Perusahaan menjadi Program Studi Manajemen.

Program Studi Akuntansi tidak mengalami perubahan nama

Sejak berdirinya, Fakultas Ekonomi Universitas Airlangga menggunakan sistem kenaikan tingkat, mulai dari tingkat pertama, tingkat sarjana muda, sampai tingkat doktoral. Perkembangan selanjutnya, pada tahun akademik 1979, Fakultas Ekonomi Universitas Airlangga mulai melaksanakan Sistem Kredit Semester (SKS).

Pada tahun 2007, Fakultas Ekonomi Universitas Airlangga membuka Minat Studi Ekonomi Islam di bawah Jurusan Ekonomi Pembangunan. Selanjutnya, berdasarkan Surat Keputusan Rektor No. 4311/J03/OT/2008 tentang Pembukaan Program Studi di Lingkungan Universitas Airlangga, minat Studi Ekonomi Islam ditetapkan menjadi Program Studi Ekonomi Islam di bawah Departemen Ekonomi Syariah.

Saat ini, secara keseluruhan program studi yang dimiliki oleh Fakultas Ekonomi Universitas Airlangga, terdiri atas:

Sarjana Strata-1 (S1), dengan  Program Studi Ekonomi Pembangunan, Manajemen, Akuntansi dan Ekonomi Islam.

Diploma III, dengan Program Studi Akuntansi, Perpajakan, Manajemen Pemasaran, Manajemen Perbankan, Manajemen Perhotelan, Manajemen Kesekretariatan dan Perkantoran.

Sarjana Strata-1 (S1) Alih Jalur, dengan Jurusan Manajemen, dan Akuntansi

Program Magister dengan Program Studi Ilmu Manajemen, dan Magister Akuntansi

Program Pendidikan Profesi Akuntansi.

Program Magister Manajemen

Adanya perubahan status Universitas Airlangga menjadi Badan Hukum Milik Negara (BHMN) membawa konsekuensi perubahan struktur organisasi Universitas Airlangga termasuk pada struktur organisasi dan pengelolaan fakultas di lingkungan Universitas Airlangga. Berdasarkan Surat Keputusan Rektor UniversitasAirlangga No. 9935/J03/HK/2007 tentang Jenis dan Nama Departemen di Fakultas Ekonomi Universitas Airlangga (FE Unair) maka Jurusan yang ada di lingkungan FE Unair berubah menjadi Departemen yang membawahi beberapa program studi mulai dari Program Sarjana Strata-1 (S1), Program Pascasarjana (S2), Profesi dan Program Diploma. Berdasarkan surat Keputusan Rektor Unair tersebut di atas maka departemen di lingkungan FE Unair adalah sebagai berikut:

Departemen Ilmu Ekonomi, dengan Program Studi:

S1 Ekonomi Pembangunan

S2 Ilmu Ekonomi

Departemen Manajemen, dengan Program Studi:

S1 Manajemen

S2 Ilmu Manajemen

S2 Magister Manajemen

Departemen Akuntansi, dengan Program Studi:

S1 Akuntansi

S2 Magister Akuntansi

Pendidikan Profesi Akuntansi (PPAk)

Departemen Ekonomi Syariah, dengan Program Studi:

Ekonomi Islam